Информационная система Молекулярная спектроскопия предназначена для предоставления доступа к данным, информации и логическим теориям необходимым для решения прикладных и фундаментальных задач ряда предметных областей (оптики атмосферы,  спектроскопии, астрономии и т.д.).

Теоретическим основанием для создания данной информационной системы (ИС) является допущение о том, что факты о спектральных характеристиках молекул можно представлять разными способами. В  трехуровневой архитектуре нашей ИС пользователю предоставлена возможность работать со слоем данных и приложений, информационным слоем и слоем знаний. 

Для работы в слое данных от пользователя требуется знание естественного языка и понимания основ молекулярной спектроскопии.  Фактами, относящимися к слою данных, являются факты о значениях физических величин (уровни энергии, вакуумные частоты, интенсивности и т.д.), которые при моделировании характеризуются решениями прямых и обратных задач молекулярной спектроскопии. Факты появляются в ИС при загрузке решений задач молекулярной спектроскопии. Такой механизм извлечения фактов связан с выбранной моделью предметной области в виде двух цепей задач. В этом слое пользователь может выбирать молекулы и  просматривать значения физических величин.

Информационный слой ИС содержит описание свойств решений задач аккумулированных в слое данных. Использование этого слоя полезно для пользователей, понимающих разнообразные  свойства этих ограничений, в том числе те, которые напрямую не относятся к спектроскопии. Например, необходимо понимать суть ограничений на физические величины, вытекающие из правил отбора, ограничений на существование информационных ресурсов и ограничений, накладываемых отношением рефлексивности при построении математической модели предметной области. В частности на этом уровне анализируются парные отношения между решениями задач. Простым методом анализа парных отношений является расчет среднеквадратических отклонений. Пользователь может визуализировать в ИС свойства решений задач и значения этих свойств. Анализ свойств позволяет разделять ресурсы на достоверные и недостоверные в рамках выбранных пользователем критериев.

Работа со слоем знания требует от пользователя понимания языка спецификаций онтологий OWL DL. Язык спецификации является интерпретируемой логикой с помощью которой строится логическая теория источников информации о решении задач молекулярной спектроскопии. Основное назначение слоя знаний в ИС предоставить пользователю возможность семантического поиска источников информации о спектральных свойствах молекул, предоставить информационные ресурсы для которых возможна машинная логическая обработка. В настоящее время основной акцент в формировании таких ресурсов сделан на свойствах относящихся к проблеме достоверности информационных ресурсов.